মাদ্রাসা সূত্রে জানা যায়, মাদ্রাসাটি ১৯৯৫ খ্রিষ্টাব্দে দাখিল স্তর এমপিওভুক্ত হয়। মাদ্রাসাটিকে আলিম স্তরের এমপিওভুক্তির জন্য আবেদন করা হলেও অজ্ঞাত কারণে দাখিল হিসেবে আবারও এমপিওভুক্তিতে স্থান পেয়েছে বলে দাবি করেছেন শিক্ষক কর্মচারীরা। তাই, আলিম স্তরের শিক্ষক-কর্মচারীদের মধ্যে ক্ষোভের সৃষ্টি হয়।
বিষয়টি স্বীকার করে বুধবার (৩০ অক্টোবর) মাদরাসাটির অধ্যক্ষ শহিদুল ইসলাম পদ্মাটাইমসকে জানান, মাদ্রাসাটি আলিম স্তরের এমপিওভুক্তির জন্য আবেদন করা হলেও হয়তো ভুলবশতঃ আবারও দাখিল স্তরের এমপিওভুক্তির তালিকায় স্থান দিয়েছে সরকার। আমরা মাননীয় সচিব বাংলাদেশ কারিগরী ও মাদরাসা বিভাগ শিক্ষা মন্ত্রণালয় বরাবর আলিম স্তরে এমপিওভুক্তির জন্য এ ব্যাপারে সংশোধনীর আবেদন করেছি এখন কি হবে সঠিক বলা যাচ্ছে না।
এ বিষয়ে পুঠিয়া উপজেলা মাধ্যমিক শিক্ষা অফিসার মো: জাহিদুল হক পদ্মাটাইমসকে জানান, এবারের এমপিওভুক্তির তালিকায় উপজেলার জামিরা জামেয়া ইসলামিয়া আলিম মাদ্রাসাটি ভুলবশত: দাখিল স্তরে পুনরায় এমপিওভুক্তির তালিকায় স্থান পেয়েছে। অচিরেই সংশোধনী জারি করে মাদরাসাটি আলীম পর্যায়ে এমপিওভুক্ত করতে পারে কর্তৃপক্ষ।